Nextflow
Schrijft, draait en debugt Nextflow- en nf-core-pijplijnen
Installeren
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- Apache-2.0
Splitst het werk vanaf het begin in twee routes: een bestaande nf-core-pijplijn uitvoeren en een mislukte hervatting debuggen, of zelf DSL2-processen, kanalen en modules schrijven. De configuratie van executors en containers omvat lokale runs, SLURM en andere HPC-schedulers, en backends op AWS, Google, Azure of Kubernetes: dezelfde pijplijn met een ander profiel. Reproduceerbaarheid wordt concreet geregeld met containers per taak, vastgezette pijplijnrevisies, een vastgezette engineversie en hervattingscaching; modules en subworkflows worden met nf-test getest volgens de lintconventies van nf-core.
Vergelijkbare skills
secret-guard
SkillBlokkeert schrijfacties die actieve inloggegevens bevatten
scope-guard
SkillSignaleert wijzigingen buiten je huidige project
AWS Core Skills
SkillTwintig AWS-skills voor CDK, IAM, containers, monitoring en kosten
Reacties(0)
Log in om te reageren