Nextflow
Scrive, esegue e corregge pipeline Nextflow e nf-core
Installazione
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- Apache-2.0
Separa fin dall’inizio due percorsi: eseguire una pipeline nf-core esistente e diagnosticare un ripristino fallito, oppure scrivere da zero processi, canali e moduli DSL2. La configurazione di executor e container copre esecuzioni locali, SLURM e altri scheduler HPC, oltre a backend AWS, Google, Azure o Kubernetes: la pipeline resta la stessa, cambia il profilo. La riproducibilità si basa su container per singola attività, revisioni e versioni del motore bloccate e cache per il ripristino; i test di moduli e sottoflussi usano nf-test secondo le convenzioni di linting nf-core.
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