Nextflow
Escribe, ejecuta y depura pipelines de Nextflow y nf-core
Instalación
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencia
- Apache-2.0
Divide el trabajo desde el principio en dos rutas: ejecutar un pipeline de nf-core existente y depurar una reanudación fallida, o crear procesos, canales y módulos DSL2 desde cero. La configuración de ejecutores y contenedores abarca ejecuciones locales, SLURM y otros planificadores HPC, además de AWS, Google, Azure y Kubernetes: el mismo pipeline con distintos perfiles. Garantiza la reproducibilidad mediante contenedores por tarea, revisiones fijadas del pipeline, una versión fija del motor y caché de reanudación; los módulos y subworkflows se prueban con nf-test siguiendo las convenciones de linting de nf-core.
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