Nextflow
Écrit, exécute et débogue des pipelines Nextflow et nf-core
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licence
- Apache-2.0
Sépare d’emblée deux parcours : exécuter un pipeline nf-core existant et diagnostiquer une reprise échouée, ou créer des processus, canaux et modules DSL2. La configuration des exécuteurs et des conteneurs couvre les environnements locaux, SLURM et d’autres ordonnanceurs HPC, ainsi que les backends AWS, Google, Azure et Kubernetes, sans changer de pipeline. La reproductibilité repose sur des conteneurs par tâche, des versions figées du pipeline et du moteur, le cache de reprise et des tests de modules ou de sous-workflows avec nf-test selon les conventions de linting nf-core.
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