Nextflow
Skriver, kör och felsöker Nextflow- och nf-core-pipelines
Installera
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills nextflow
Any reproducible bioinformatics workflow work: running or debugging an nf-core pipeline, writing DSL2 modules, or configuring HPC/cloud executors.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- Apache-2.0
Arbetet delas från början i två spår: att köra en befintlig nf-core-pipeline och felsöka en misslyckad återupptagning, eller att skapa DSL2-processer, kanaler och moduler från grunden. Konfigurationen omfattar lokala körningar, SLURM och andra HPC-schemaläggare samt AWS, Google, Azure och Kubernetes med samma pipeline men olika profiler. Reproducerbarhet säkras med containrar per uppgift, låsta pipeline- och motorversioner samt cachelagrad återupptagning, medan moduler och delarbetsflöden testas med nf-test enligt nf-cores lintningsregler.
Liknande färdigheter
GitHub Actions Templates
FärdighetFärdiga arbetsflöden i stället för en tom .github-katalog
Understand Anything
FärdighetBygger en utforskbar graf över en kodbas du inte har skrivit
GitHub Actions Hardening
FärdighetGranskar workflow-YAML efter typiska angrepp mot CI
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera