pyOpenMS
Massenspektrometrie-Pipelines für Proteomik und Metabolomik
Installation
Enthält Skriptegh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Lizenz
- BSD-3-Clause
Bringt die OpenMS-Bibliothek für LC-MS/MS-Workflows nach Python: Einlesen von mzML und mzXML, Signalverarbeitung und Zentroidierung, Merkmalserkennung, Retentionszeitabgleich, Konsensusverknüpfung sowie markierungsfreie oder isobare Quantifizierung. Die Peptid- und Proteinidentifizierung umfasst die Neuindizierung von FASTA-Dateien, FDR-Schätzung und den Export als idXML; gängige Workflows stehen als parametrisierte Kommandozeilenskripte bereit und sollten laut Anleitung vor eigenem Python-Code ausprobiert werden. Adduktgruppierung, exakte Massenannotation mit HMDB sowie der Export nach GNPS oder SIRIUS decken die Metabolomik ab.
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