pyOpenMS
Pipelines de espectrometria de massa com OpenMS
Instalação
Inclui scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licença
- BSD-3-Clause
Integra a biblioteca OpenMS ao Python para trabalhos com LC-MS/MS, incluindo leitura de mzML e mzXML, processamento de sinais, centroidização, detecção de características, alinhamento por tempo de retenção, vinculação por consenso e quantificação sem marcação ou isobárica. A identificação de peptídeos e proteínas inclui reindexação de FASTA, estimativa de FDR e exportação para idXML. Também abrange agrupamento de adutos, anotação por massa exata com HMDB e exportação para GNPS ou SIRIUS.
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