pyOpenMS
مسارات مطيافية الكتلة للبروتيوميات والأيضيات عبر OpenMS
التثبيت
تتضمن سكربتاتgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- المؤلف
- K-Dense Inc.
- الترخيص
- BSD-3-Clause
يتيح مكتبة OpenMS في Python لأعمال LC-MS/MS، بما يشمل قراءة mzML وmzXML ومعالجة الإشارة وتحديد المراكز واكتشاف السمات ومحاذاة زمن الاحتفاظ وربط النتائج والتقدير الكمي الخالي من الوسوم أو متساوي الكتلة. تمر عملية تحديد الببتيدات والبروتينات عبر إعادة فهرسة FASTA وتقدير معدل الاكتشاف الخاطئ وتصدير idXML، وتتوفر أشهر مسارات العمل كنصوص سطر أوامر قابلة للضبط يُنصح بتجربتها قبل كتابة كود Python جديد. أما جانب الأيضيات فيشمل تجميع النواتج الأيونية والتعليق بالكتلة الدقيقة باستخدام HMDB والتصدير إلى GNPS أو SIRIUS.
مهارات مشابهة
pysam
مهارةقراءة وكتابة ملفات BAM وCRAM وVCF في Python عبر HTSlib
PyDESeq2
مهارةتحليل التعبير التفاضلي لـ RNA-seq في Python بدلًا من R
NotebookLM-py
مهارةيشغّل Google NotebookLM من الطرفية أو Python أو عبر وكيل
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق