مهارة
pyOpenMS
مسارات مطيافية الكتلة للبروتيوميات والأيضيات عبر OpenMS
نجوم GitHub
34 ألف
المستودع على GitHub
التثبيت
تتضمن سكربتاتgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
تُفعّل عند
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
تتطلب أدوات
ReadWriteEditBash
- المؤلف
- K-Dense Inc.
- الترخيص
- BSD-3-Clause
يتيح مكتبة OpenMS في Python لأعمال LC-MS/MS، بما يشمل قراءة mzML وmzXML ومعالجة الإشارة وتحديد المراكز واكتشاف السمات ومحاذاة زمن الاحتفاظ وربط النتائج والتقدير الكمي الخالي من الوسوم أو متساوي الكتلة. تمر عملية تحديد الببتيدات والبروتينات عبر إعادة فهرسة FASTA وتقدير معدل الاكتشاف الخاطئ وتصدير idXML، وتتوفر أشهر مسارات العمل كنصوص سطر أوامر قابلة للضبط يُنصح بتجربتها قبل كتابة كود Python جديد. أما جانب الأيضيات فيشمل تجميع النواتج الأيونية والتعليق بالكتلة الدقيقة باستخدام HMDB والتصدير إلى GNPS أو SIRIUS.
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق