pyOpenMS
Pipelines OpenMS pour la protéomique et la métabolomique
Installation
Scripts inclusgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licence
- BSD-3-Clause
Intègre la bibliothèque OpenMS à Python pour les workflows LC-MS/MS : lecture des formats mzML et mzXML, traitement du signal, centroïdage, détection des caractéristiques, alignement des temps de rétention et quantification sans marquage ou isobarique. L’identification des peptides et des protéines comprend la réindexation FASTA, l’estimation du FDR et l’export idXML, avec des scripts en ligne de commande paramétrables à privilégier avant d’écrire du nouveau code Python. Le volet métabolomique couvre le regroupement des adduits, l’annotation par masse exacte avec HMDB et l’export vers GNPS ou SIRIUS.
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