pyOpenMS
Fluxuri OpenMS pentru proteomică și metabolomică
Instalare
Include scripturigh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licență
- BSD-3-Clause
Aduce biblioteca OpenMS în Python pentru lucrul cu LC-MS/MS: citirea fișierelor mzML și mzXML, procesarea semnalului și centroidare, detectarea caracteristicilor, alinierea timpilor de retenție, asocierea consensuală și cuantificarea fără marcaj sau izobarică. Identificarea peptidelor și proteinelor include reindexarea FASTA, estimarea FDR și exportul idXML, iar fluxurile uzuale sunt disponibile ca scripturi parametrizate în linia de comandă, recomandate înaintea scrierii unui cod Python nou. Pentru metabolomică, oferă gruparea aducților, adnotarea pe baza masei exacte folosind HMDB și exportul către GNPS sau SIRIUS.
Skill-uri similare
pysam
SkillCitește și scrie fișiere BAM, CRAM și VCF din Python
PyDESeq2
SkillAnalizează expresia diferențială bulk RNA-seq în Python
NotebookLM-py
SkillControlează Google NotebookLM din CLI, Python sau printr-un agent
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta