pyOpenMS
Massaspectrometriepijplijnen voor proteomics en metabolomics
Installeren
Bevat scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- BSD-3-Clause
Brengt de OpenMS-bibliotheek naar Python voor LC-MS/MS-werk: mzML en mzXML lezen, signaalverwerking en centroiding, kenmerkdetectie, retentietijduitlijning, consensuskoppeling en labelvrije of isobare kwantificering. Peptide- en eiwitidentificatie verloopt via het opnieuw indexeren van FASTA, FDR-schatting en export naar idXML; de meest gangbare workflows worden geleverd als parametriseerbare opdrachtregelscripts die je volgens de handleiding het best probeert voordat je nieuwe Python-code schrijft. Groepering van adducten, annotatie op basis van exacte massa met HMDB en export naar GNPS of SIRIUS ondersteunen de metabolomicskant.
Vergelijkbare skills
pysam
SkillLeest en schrijft BAM-, CRAM- en VCF-bestanden via HTSlib
PyDESeq2
SkillVoert bulk-RNA-seq-differentieanalyse uit in Python
NotebookLM-py
SkillBedient Google NotebookLM via een CLI, Python of een agent
Reacties(0)
Log in om te reageren