pyOpenMS
Massaspectrometriepijplijnen voor proteomics en metabolomics
Installeren
Bevat scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Auteur
- K-Dense Inc.
- Licentie
- BSD-3-Clause
Brengt de OpenMS-bibliotheek naar Python voor LC-MS/MS-werk: mzML en mzXML lezen, signaalverwerking en centroiding, kenmerkdetectie, retentietijduitlijning, consensuskoppeling en labelvrije of isobare kwantificering. Peptide- en eiwitidentificatie verloopt via het opnieuw indexeren van FASTA, FDR-schatting en export naar idXML; de meest gangbare workflows worden geleverd als parametriseerbare opdrachtregelscripts die je volgens de handleiding het best probeert voordat je nieuwe Python-code schrijft. Groepering van adducten, annotatie op basis van exacte massa met HMDB en export naar GNPS of SIRIUS ondersteunen de metabolomicskant.
Vergelijkbare skills
Molecular Dynamics
SkillBouwt, draait en analyseert MD-simulaties met OpenMM en MDAnalysis
PyMC
SkillBayesiaans modelleren met priors, NUTS en modelvergelijking
pysam
SkillLeest en schrijft BAM-, CRAM- en VCF-bestanden via HTSlib
Reacties(0)
Log in om te reageren