pyOpenMS
Pipeline OpenMS per proteomica e metabolomica
Installazione
Include scriptgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- BSD-3-Clause
Porta la libreria OpenMS in Python per flussi LC-MS/MS: lettura di mzML e mzXML, elaborazione del segnale, centroiding, rilevamento delle feature, allineamento dei tempi di ritenzione, collegamento dei consensus e quantificazione label-free o isobarica. L’identificazione di peptidi e proteine comprende la reindicizzazione FASTA, la stima dell’FDR e l’esportazione idXML; i flussi più comuni sono disponibili come script da riga di comando parametrizzati, consigliati prima di scrivere nuovo codice Python. Per la metabolomica offre raggruppamento degli addotti, annotazione della massa accurata rispetto a HMDB ed esportazione verso GNPS o SIRIUS.
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