pyOpenMS
Pipelines de espectrometría de masas mediante OpenMS
Instalación
Incluye scriptsgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencia
- BSD-3-Clause
Lleva la biblioteca OpenMS a Python para flujos LC-MS/MS: lectura de mzML y mzXML, procesamiento y centroidado de señales, detección de características, alineación de tiempos de retención, vinculación de consensos y cuantificación sin marcaje o isobárica. La identificación de péptidos y proteínas incluye reindexación FASTA, estimación de FDR y exportación a idXML; los flujos habituales se incluyen como scripts parametrizados de línea de comandos y se recomienda probarlos antes de escribir nuevo código Python. La agrupación de aductos, la anotación por masa exacta con HMDB y la exportación a GNPS o SIRIUS cubren el ámbito de la metabolómica.
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