pyOpenMS
Pipeline’y spektrometrii mas dla proteomiki i metabolomiki
Instalacja
Zawiera skryptygh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Licencja
- BSD-3-Clause
Udostępnia bibliotekę OpenMS w Pythonie do pracy z LC-MS/MS: odczytu mzML i mzXML, przetwarzania sygnału, centroidyzacji, wykrywania cech, wyrównywania czasu retencji, łączenia konsensusowego oraz kwantyfikacji bez znaczników lub izobarycznej. Identyfikacja peptydów i białek obejmuje ponowne indeksowanie FASTA, szacowanie FDR i eksport idXML, a typowe procesy są dostępne jako parametryzowane skrypty wiersza poleceń, które warto wypróbować przed pisaniem nowego kodu w Pythonie. Część metabolomiczna obsługuje grupowanie adduktów, adnotację dokładnej masy na podstawie HMDB oraz eksport do GNPS lub SIRIUS.
Podobne umiejętności
Molecular Dynamics
UmiejętnośćTworzy, uruchamia i analizuje symulacje dynamiki molekularnej
PyMC
UmiejętnośćModelowanie bayesowskie: priory, próbkowanie NUTS i porównania
pysam
UmiejętnośćOdczytuje i zapisuje pliki BAM, CRAM i VCF przez HTSlib
Komentarze(0)
Zaloguj się, aby skomentować