pyOpenMS
Masspektrometriflöden för proteomik och metabolomik via OpenMS
Installera
Innehåller skriptgh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills pyopenms
Proteomics or metabolomics MS data: feature detection, quantification, peptide identification, or building an LC-MS/MS pipeline.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- BSD-3-Clause
För in OpenMS-biblioteket i Python för LC-MS/MS-arbete: läsning av mzML och mzXML, signalbehandling, centroidberäkning, funktionsdetektering, retentionsjustering, konsensuslänkning samt etikettfri eller isobar kvantifiering. Peptid- och proteinidentifiering omfattar omindexering av FASTA, FDR-uppskattning och export till idXML, medan vanliga arbetsflöden finns som parameterstyrda kommandoradsskript. För metabolomik ingår adduktgruppering, annotering med exakt massa mot HMDB samt export till GNPS eller SIRIUS.
Liknande färdigheter
Molecular Dynamics
FärdighetKör och analyserar MD-simuleringar med OpenMM och MDAnalysis
PyMC
FärdighetBayesiansk modellering med priorer, NUTS och modelljämförelse
pysam
FärdighetLäser och skriver BAM-, CRAM- och VCF-filer via HTSlib
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera