Molecular Dynamics
Simulations MD avec OpenMM et analyses avec MDAnalysis
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Auteur
- Kuan-lin Huang
- Licence
- MIT
Le volet simulation prépare un système depuis un fichier PDB, configure le champ de force et le modèle d’eau, puis exécute la solvatation, la minimisation énergétique, l’équilibration et les calculs de production sur GPU avec OpenMM. MDAnalysis sert ensuite à étudier les trajectoires obtenues : RMSD, RMSF, cartes de contacts, liaisons hydrogène et surfaces d’énergie libre. L’outil permet notamment d’examiner l’effet d’une mutation sur la flexibilité d’une protéine, la stabilité de la pose d’un ligand ou les conformations explorées par une région désordonnée.
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