Molecular Dynamics
MD-Simulationen mit OpenMM und MDAnalysis
Installation
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Autor
- Kuan-lin Huang
- Lizenz
- MIT
Der Simulationsteil umfasst die Vorbereitung eines Systems aus einer PDB-Datei, die Wahl von Kraftfeld und Wassermodell, Solvatisierung, Energieminimierung, Äquilibrierung und GPU-Produktionsläufe mit OpenMM. Der Analyseteil wertet die resultierenden Trajektorien mit MDAnalysis aus, darunter RMSD und RMSF, Kontaktkarten, Wasserstoffbrücken und freie Energielandschaften. Damit lassen sich Fragen untersuchen wie: Wie verändert eine Mutation die Proteinflexibilität, wie lange bleibt ein Ligand in seiner Bindungsposition und welche Konformationen nimmt eine ungeordnete Region tatsächlich an?
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