Molecular Dynamics
Prepara, ejecuta y analiza simulaciones con OpenMM y MDAnalysis
Instalación
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Autor
- Kuan-lin Huang
- Licencia
- MIT
Prepara sistemas desde archivos PDB, configura el campo de fuerzas, el modelo de agua y la solvatación, y ejecuta minimización, equilibrado y producción en GPU con OpenMM. Después analiza las trayectorias con MDAnalysis mediante RMSD, RMSF, mapas de contactos, enlaces de hidrógeno y superficies de energía libre. Sirve para estudiar la flexibilidad de proteínas, la estabilidad de la pose de un ligando y las conformaciones de regiones desordenadas.
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