Molecular Dynamics
Запуск и анализ МД-моделирования с OpenMM и MDAnalysis
Установка
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Автор
- Kuan-lin Huang
- Лицензия
- MIT
Моделирование включает подготовку системы из PDB-файла, выбор силового поля и модели воды, сольватацию, минимизацию энергии, уравновешивание и производительные расчёты на GPU через OpenMM. Анализ полученных траекторий выполняется в MDAnalysis и охватывает RMSD, RMSF, карты контактов, водородные связи и поверхности свободной энергии. Подходит для изучения влияния мутаций на гибкость белка, устойчивости позы лиганда и конформаций неупорядоченных участков.
Похожие навыки
pyOpenMS
НавыкМасс-спектрометрические процессы OpenMS для протеомики
RDKit Cheminformatics
НавыкРабота с молекулами, дескрипторами и поиском в RDKit
Performance Optimization
НавыкСначала профиль, затем узкое место, исправление и новый замер
Комментарии(0)
Войдите, чтобы комментировать