Навык

Molecular Dynamics

Запуск и анализ МД-моделирования с OpenMM и MDAnalysis

Установка

gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics

Условия запуска

Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.

Автор: Kuan-lin Huang
Лицензия: MIT

Репозиторийhttps://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Моделирование включает подготовку системы из PDB-файла, выбор силового поля и модели воды, сольватацию, минимизацию энергии, уравновешивание и производительные расчёты на GPU через OpenMM. Анализ полученных траекторий выполняется в MDAnalysis и охватывает RMSD, RMSF, карты контактов, водородные связи и поверхности свободной энергии. Подходит для изучения влияния мутаций на гибкость белка, устойчивости позы лиганда и конформаций неупорядоченных участков.