مهارة
Molecular Dynamics
إعداد محاكاة الديناميكيات الجزيئية وتشغيلها وتحليلها
نجوم GitHub
34 ألف
المستودع على GitHub
التثبيت
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
تُفعّل عند
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- المؤلف
- Kuan-lin Huang
- الترخيص
- MIT
يغطي جانب المحاكاة إعداد نظام من ملف PDB، واختيار حقل القوة ونموذج الماء، والإذابة، وتقليل الطاقة، والموازنة، وتشغيل الإنتاج على GPU عبر OpenMM. ويستخدم جانب التحليل MDAnalysis لدراسة المسارات الناتجة، بما يشمل RMSD وRMSF وخرائط التلامس والروابط الهيدروجينية وأسطح الطاقة الحرة. وهو مخصص لأسئلة مثل تأثير طفرة في مرونة البروتين، ومدة بقاء الليغاند في وضعية الارتباط، والبنى التي تستكشفها فعليًا منطقة غير منتظمة.
التعليقات(0)
سجّل الدخول للتعليق