مهارة

Molecular Dynamics

إعداد محاكاة الديناميكيات الجزيئية وتشغيلها وتحليلها

التثبيت

gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics

تُفعّل عند

Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.

المؤلف: Kuan-lin Huang
الترخيص: MIT

المستودعhttps://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills

يغطي جانب المحاكاة إعداد نظام من ملف PDB، واختيار حقل القوة ونموذج الماء، والإذابة، وتقليل الطاقة، والموازنة، وتشغيل الإنتاج على GPU عبر OpenMM. ويستخدم جانب التحليل MDAnalysis لدراسة المسارات الناتجة، بما يشمل RMSD وRMSF وخرائط التلامس والروابط الهيدروجينية وأسطح الطاقة الحرة. وهو مخصص لأسئلة مثل تأثير طفرة في مرونة البروتين، ومدة بقاء الليغاند في وضعية الارتباط، والبنى التي تستكشفها فعليًا منطقة غير منتظمة.

التعليقات(0)

سجّل الدخول للتعليق

لا توجد تعليقات بعد، كن أول من يعلّق.

مهارات مشابهة

Understand Anything

مهارة

ينشئ رسمًا تفاعليًا لقاعدة كود لم تكتبها

مسارات عمل البرمجة

Generating Baseline Profiles

مهارة

ينشئ ملف Android أساسيًا ويثبت تحسن البدء عبر Macrobenchmark

الاختبارات وأدوات تصحيح الأخطاءمسارات عمل البرمجة

Statistical Power

مهارة

يحسب حجم العينة والأثر الأدنى القابل للكشف ومنحنيات القوة

قواعد البيانات والبياناتالأبحاث والعلوم