Skill
Molecular Dynamics
Executa e analisa simulações de dinâmica molecular
Estrelas no GitHub
34 mil
Repositório no GitHub
Instalação
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Acionada por
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Autor
- Kuan-lin Huang
- Licença
- MIT
Prepara sistemas a partir de arquivos PDB, configura campo de força, modelo de água e solvatação e executa minimização de energia, equilíbrio e produção em GPU com OpenMM. Depois, usa MDAnalysis para analisar RMSD, RMSF, mapas de contato, ligações de hidrogênio e superfícies de energia livre. É voltado a questões como alterações de flexibilidade causadas por mutações, permanência de ligantes em poses de ligação e conformações amostradas por regiões desordenadas.
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