Skill
Molecular Dynamics
Simulări MD cu OpenMM și analiză prin MDAnalysis
Stele pe GitHub
34 K
Depozitul de cod de pe GitHub
Instalare
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Se activează la
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Autor
- Kuan-lin Huang
- Licență
- MIT
Acoperă pregătirea unui sistem dintr-un fișier PDB, alegerea câmpului de forță și a modelului de apă, solvatarea, minimizarea energiei, echilibrarea și rulările de producție pe GPU prin OpenMM. Traiectoriile rezultate sunt analizate cu MDAnalysis folosind RMSD și RMSF, hărți de contacte, legături de hidrogen și suprafețe de energie liberă. Este destinat întrebărilor precum efectul unei mutații asupra flexibilității proteinei, durata menținerii unui ligand în poziția de legare și conformațiile explorate de o regiune dezordonată.
Comentarii(0)
Autentifică-te pentru a comenta