Molecular Dynamics
Kör och analyserar MD-simuleringar med OpenMM och MDAnalysis
Installera
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Utvecklare
- Kuan-lin Huang
- Licens
- MIT
Simuleringsdelen förbereder ett system från en PDB-fil, väljer kraftfält och vattenmodell samt hanterar solvatisering, energiminimering, jämviktning och GPU-körningar via OpenMM. Analysdelen använder MDAnalysis för RMSD, RMSF, kontaktkartor, vätebindningar och fria energiytor. Verktyget riktar sig till frågor om exempelvis hur mutationer påverkar proteiners flexibilitet, hur länge ligander behåller sin bindningsposition och vilka konformationer oordnade regioner antar.
Liknande färdigheter
pyOpenMS
FärdighetMasspektrometriflöden för proteomik och metabolomik via OpenMS
RDKit Cheminformatics
FärdighetVägledning för RDKit: molekyler, deskriptorer och sökning
Performance Optimization
FärdighetMät först, åtgärda flaskhalsen och mät igen
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera