Molecular Dynamics
Bouwt, draait en analyseert MD-simulaties met OpenMM en MDAnalysis
Installeren
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Auteur
- Kuan-lin Huang
- Licentie
- MIT
Het simulatiegedeelte omvat het voorbereiden van een systeem vanuit een PDB-bestand, de keuze van een krachtveld en watermodel, solvatie, energieminimalisatie, equilibratie en GPU-productieruns via OpenMM. Het analysegedeelte gebruikt MDAnalysis voor de resulterende trajecten, waaronder RMSD en RMSF, contactkaarten, waterstofbruggen en vrije-energieoppervlakken. Het is bedoeld voor vragen zoals hoe een mutatie de flexibiliteit van een eiwit verandert, hoelang een ligand zijn bindingspose behoudt en welke conformaties een ongeordende regio daadwerkelijk bemonstert.
Vergelijkbare skills
pyOpenMS
SkillMassaspectrometriepijplijnen voor proteomics en metabolomics
RDKit Cheminformatics
SkillRDKit-hulp voor moleculen, descriptoren en substructuurzoekopdrachten
Performance Optimization
SkillMeet eerst, verhelp het knelpunt en meet daarna opnieuw
Reacties(0)
Log in om te reageren