Molecular Dynamics
Bouwt, draait en analyseert MD-simulaties met OpenMM en MDAnalysis
Installeren
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Auteur
- Kuan-lin Huang
- Licentie
- MIT
Het simulatiegedeelte omvat het voorbereiden van een systeem vanuit een PDB-bestand, de keuze van een krachtveld en watermodel, solvatie, energieminimalisatie, equilibratie en GPU-productieruns via OpenMM. Het analysegedeelte gebruikt MDAnalysis voor de resulterende trajecten, waaronder RMSD en RMSF, contactkaarten, waterstofbruggen en vrije-energieoppervlakken. Het is bedoeld voor vragen zoals hoe een mutatie de flexibiliteit van een eiwit verandert, hoelang een ligand zijn bindingspose behoudt en welke conformaties een ongeordende regio daadwerkelijk bemonstert.
Vergelijkbare skills
Understand Anything
SkillBouwt een doorzoekbare graaf van een onbekende codebase
Generating Baseline Profiles
SkillLevert een Android-baselineprofiel en bewijst de opstartwinst
Statistical Power
SkillBerekent steekproefgrootte, detecteerbaar effect en powercurves
Reacties(0)
Log in om te reageren