Molecular Dynamics
Simulazioni MD con OpenMM e analisi tramite MDAnalysis
Installazione
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Autore
- Kuan-lin Huang
- Licenza
- MIT
La parte di simulazione prepara un sistema da un file PDB, permette di scegliere campo di forza e modello dell’acqua e gestisce solvatazione, minimizzazione dell’energia, equilibrazione e produzione su GPU tramite OpenMM. La parte di analisi usa MDAnalysis sulle traiettorie ottenute per calcolare RMSD e RMSF, mappe dei contatti, legami a idrogeno e superfici di energia libera. È pensato per studiare come una mutazione modifichi la flessibilità di una proteina, quanto a lungo un ligando mantenga la posa di legame e quali conformazioni campioni realmente una regione disordinata.
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