Molecular Dynamics
OpenMM ve MDAnalysis ile moleküler dinamik kurar, koşturur ve çözümler.
Kurulum
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Geliştirici
- Kuan-lin Huang
- Lisans
- MIT
Benzetim tarafı PDB dosyasından sistem hazırlama, kuvvet alanı ve su modeli seçimi, çözücü ekleme, enerji küçültme, dengeleme ve OpenMM ile GPU üzerinde üretim koşusunu kapsıyor. Çözümleme tarafı çıkan yörüngeler üzerinde MDAnalysis kullanıyor: RMSD ve RMSF, temas haritaları, hidrojen bağları, serbest enerji yüzeyleri. Hedeflediği sorular şu tipte: bir mutasyon proteinin esnekliğini nasıl değiştiriyor, bir ligand bağlanma konumunda ne kadar kalıyor, düzensiz bir bölge gerçekte hangi konformasyonları örnekliyor.
Benzer skill'ler
pyOpenMS
SkillOpenMS ile proteomik ve metabolomik kütle spektrometrisi akışları.
RDKit Cheminformatics
SkillRDKit ile molekül ayrıştırma, tanımlayıcı hesabı, parmak izi ve alt yapı aramasını yönlendirir.
Performance Optimization
SkillÖnce ölçer, kanıtlanan darboğazı düzeltir, sonra yeniden ölçer.
Yorumlar(0)
Yorum yapmak için giriş yap