Molecular Dynamics
Tworzy, uruchamia i analizuje symulacje dynamiki molekularnej
Instalacja
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills molecular-dynamics
Running or analyzing an MD trajectory: system setup, force fields, production runs, RMSD/RMSF, contact maps or binding free energy.
- Autor
- Kuan-lin Huang
- Licencja
- MIT
Część symulacyjna obejmuje przygotowanie układu z pliku PDB, wybór pola siłowego i modelu wody, solwatację, minimalizację energii, równoważenie oraz produkcyjne obliczenia GPU w OpenMM. Część analityczna wykorzystuje MDAnalysis do badania trajektorii za pomocą RMSD, RMSF, map kontaktów, wiązań wodorowych i powierzchni energii swobodnej. Narzędzie pomaga odpowiadać na pytania o wpływ mutacji na elastyczność białka, trwałość pozy ligandu i konformacje próbkowane przez regiony nieuporządkowane.
Podobne umiejętności
Understand Anything
UmiejętnośćBuduje interaktywny graf nieznanej bazy kodu
Generating Baseline Profiles
UmiejętnośćTworzy profil bazowy Androida i mierzy poprawę uruchamiania
Statistical Power
UmiejętnośćOblicza liczebność próby, wykrywalny efekt i krzywe mocy
Komentarze(0)
Zaloguj się, aby skomentować