Biopython
Работа с последовательностями, форматами и NCBI через Biopython
Установка
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
Working with biological sequences, converting bioinformatics file formats, BLAST automation, or NCBI Entrez queries.
- Автор
- K-Dense Inc.
- Лицензия
- Biopython License Agreement
Предназначен для пакетной обработки и собственных конвейеров: чтения и преобразования FASTA, GenBank, FASTQ, PDB и mmCIF, запуска и разбора BLAST, построения выравниваний и филогенетических деревьев. Работа с Entrez описана с учётом требований NCBI к идентификации клиентов и ограничениям частоты запросов. Руководство ориентировано на Biopython 1.87, где устранена уязвимость парсера, важная при чтении Entrez XML из недоверенных источников.
Похожие навыки
pysam
НавыкЧтение и запись BAM, CRAM и VCF из Python через HTSlib
Boltz
НавыкЗапускает прогноз структуры, скрининг и дизайн связующих в Boltz
pyOpenMS
НавыкМасс-спектрометрические процессы OpenMS для протеомики
Комментарии(0)
Войдите, чтобы комментировать