Biopython
Sekvenser, format och NCBI Entrez-åtkomst med Biopython
Installera
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
Working with biological sequences, converting bioinformatics file formats, BLAST automation, or NCBI Entrez queries.
- Utvecklare
- K-Dense Inc.
- Licens
- Biopython License Agreement
Inriktad på batchbearbetning och anpassade arbetsflöden: läsning och konvertering av FASTA, GenBank, FASTQ, PDB och mmCIF, körning eller tolkning av BLAST samt uppbyggnad av alignments och fylogenetiska träd. Användning av Entrez dokumenteras tillsammans med NCBI:s krav på identifiering och anropsfrekvens. Vägledningen gäller Biopython 1.87, som åtgärdade en sårbarhet i parsern som är relevant när Entrez XML från opålitliga källor läses.
Liknande färdigheter
pysam
FärdighetLäser och skriver BAM-, CRAM- och VCF-filer via HTSlib
Boltz
FärdighetKör strukturprediktion och bindardesign via boltz-api
pyOpenMS
FärdighetMasspektrometriflöden för proteomik och metabolomik via OpenMS
Kommentarer(0)
Logga in för att kommentera