Skill
Biopython
Sequenze, formati biologici e accesso a NCBI Entrez
Installazione
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
Si attiva con
Working with biological sequences, converting bioinformatics file formats, BLAST automation, or NCBI Entrez queries.
Richiede strumenti
ReadWriteEditBash
- Autore
- K-Dense Inc.
- Licenza
- Biopython License Agreement
È pensato per elaborazioni in batch e pipeline personalizzate: legge e converte FASTA, GenBank, FASTQ, PDB e mmCIF, esegue o analizza BLAST e costruisce allineamenti e alberi filogenetici. L'uso di Entrez è documentato insieme ai requisiti di identificazione e ai limiti di frequenza imposti da NCBI. La guida riguarda Biopython 1.87, che corregge una vulnerabilità del parser rilevante per la lettura di XML Entrez proveniente da fonti non attendibili.
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