Biopython
Sequenzen, Dateiformate und NCBI-Entrez-Zugriff mit Biopython
Installation
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
Working with biological sequences, converting bioinformatics file formats, BLAST automation, or NCBI Entrez queries.
- Autor
- K-Dense Inc.
- Lizenz
- Biopython License Agreement
Für Stapelverarbeitung und eigene Pipelines: FASTA, GenBank, FASTQ, PDB und mmCIF lesen und konvertieren, BLAST ausführen oder auswerten sowie Alignments und phylogenetische Bäume erstellen. Die Entrez-Nutzung wird zusammen mit den Identifikations- und Ratenbegrenzungsvorgaben dokumentiert, die NCBI an aufrufende Anwendungen stellt. Die Anleitung ist auf Biopython 1.87 ausgerichtet, das eine relevante Parser-Schwachstelle beim Lesen von Entrez-XML aus nicht vertrauenswürdigen Quellen behoben hat.
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