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Compétence

Biopython

Séquences, formats biologiques et accès à NCBI Entrez avec Biopython

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Installation

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
Se déclenche pour

Working with biological sequences, converting bioinformatics file formats, BLAST automation, or NCBI Entrez queries.

Outils requis
ReadWriteEditBash
Auteur
K-Dense Inc.
Licence
Biopython License Agreement

Conçu pour les traitements par lots et les pipelines personnalisés : lecture et conversion de fichiers FASTA, GenBank, FASTQ, PDB et mmCIF, exécution ou analyse de BLAST, création d’alignements et d’arbres phylogénétiques. L’utilisation d’Entrez est documentée avec les exigences de NCBI concernant l’identification des clients et les limites de requêtes. Le guide cible Biopython 1.87, qui corrige une vulnérabilité de l’analyseur importante lors de la lecture de fichiers XML Entrez provenant de sources non fiables.

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